五十年后的未來，世界遭到突如其來的怪物“荒神”的破壞而失去平衡。人類文明的武器無法與荒神抗衡，生化科技企業(yè)“芬里爾”利用荒神細胞開發(fā)出了名為“神機手”的生物兵器，并同時組織了特殊部隊“GOD EATER”。俄羅斯即將展開歐亞地區(qū)的荒神掃蕩作戰(zhàn)，芬里爾派出三位神機手前來支援。
為了生存的人類開始了對抗“荒神”的武器研究中，之后生化科技企業(yè)“芬里爾”利用“荒神”的細胞研究出一款能夠反“捕食”的生化武器“神機”，為了能夠延續(xù)人類文明一場為了生存的戰(zhàn)爭就此開始。
貌似找到生存之道的人類當與“荒神”真正接觸時才發(fā)現(xiàn)，這是一個怎么殺也殺不完的物種，而且有些“荒神”的個頭是難以想象的巨大，人類也漸漸開始消沉，而此時的主人公依舊堅持自己的信念，決定要將所有的“荒神”全部消滅掉，奪回自由的世界……為了打倒荒神而成為噬神者的少年空木蓮華，成為了新型適合者，蓮華在測試訓練中的優(yōu)秀表現(xiàn)令雨宮三佐側目，但蓮華總是為了救他人而將自己置于危險之中，這點令雨宮很擔憂。理想很好但現(xiàn)實很骨感，在一次次的挫敗中和身邊隊友的死亡中空木蓮華的內心除了對“荒神”的憎恨與憤怒卻什么都改變不了。