程本直(劉屹宸 飾)被袁崇煥(邵兵 飾)的正直善良感動，決定留下來為他效力。王在晉上書朝廷，彈劾袁崇煥擁兵自重，公然帶兵沖擊經(jīng)略府衙，天啟皇上讓兵部尚書崔成秀當(dāng)眾讀出奏折，崔成秀懇請皇上撤掉袁崇煥，皇上聽信王在晉的一面之詞，對袁崇煥很失望。

范文程得知努爾哈赤狠狠教訓(xùn)了莽古爾泰，就是因?yàn)樗罋o辜百姓，表面上是把其他三兄弟支開，其實(shí)就是故意讓他們聽到，起到殺一儆百的效果，范文程對努爾哈赤佩服得五體投地，他還向皇太極匯報了一個好消息，王在晉和袁崇煥之間起了嫌隙。

孫承宗主動站出來為袁崇煥辯解，還搬出王在晉貪墨官銀的事，并且說明王在晉和袁崇煥之間的嫌隙全是因?yàn)榘死锉ぶ爻?，他提議讓皇上分別下旨讓王在晉和袁崇煥各自思過，再派一個欽差大人前去山海關(guān)徹查此事，皇上當(dāng)即決定讓孫承宗做欽差。魏忠賢(梁冠華 飾)很惱火，一下朝就向情婦客氏大發(fā)牢騷，大罵孫承宗是老狐貍，想趁孫承宗不在京城的時候?qū)Ω稐顫i等人。

王在晉和滿桂列隊(duì)歡迎孫承宗，可孫承宗根本不領(lǐng)情，還借口身體不適拒不接見王在晉，王在晉不想坐以待斃，又擔(dān)心袁崇煥先向?qū)O承宗告狀。孫承宗不請自來，看到程本直和袁崇煥正在商議穩(wěn)固邊防的對策，就沒有打擾他們，袁崇煥轉(zhuǎn)身看到孫承宗，孫承宗開門見山提醒他要以大局為重，絕不可以沖動行事，程本直趕忙跪倒向?qū)O承宗賠禮道歉。

王在晉帶著遼東的同僚來見孫承宗，孫承宗直截了當(dāng)詢問他和袁崇煥的嫌隙，王在晉口口聲聲稱已經(jīng)把所有賬目都整理清楚，并拿來讓孫承宗查閱，孫承宗看完賬目，沒有發(fā)現(xiàn)任何異常，孫承宗不動聲色隨手拿出一塊玉印，聲稱是翻墻而入的盜賊從他府中所偷，多虧守城御史當(dāng)場抓獲，孫承宗決定在四周加一層院墻來防范盜賊，王在晉當(dāng)場提出質(zhì)疑，覺得加多少層院墻也無法抵御盜賊，王在晉突然意識到孫承宗的言外之意，就是想阻止他在八里堡建重城，頓時啞口無言。

孫靈汐(王媛可 飾)也想不明白袁崇煥為何拼命反對王在晉修建重城，袁崇煥聲稱努爾哈赤的鐵騎驍勇善戰(zhàn)，即使多加一道城池也未必能阻擋，不但勞民傷財，反而會成為明軍撤退的障礙。與此同時，孫承宗當(dāng)面揭穿王在晉不抓緊時間想出御敵之策，向朝廷要了三百萬兩銀子建重城，這是三十萬邊軍十年的俸祿，王在晉百般狡辯，孫承宗被徹底激怒，要用尚方寶劍把他處死，王在晉嚇得驚慌失措，自愿辭去遼東經(jīng)略的職務(wù)。

孫承宗給皇上送回一些工程圖紙，小太監(jiān)突然發(fā)現(xiàn)圖紙旁邊還加了一段話，孫承宗已經(jīng)查明王在晉貪墨官銀的罪行，而且王在晉已經(jīng)自動辭官。魏忠賢站在一邊氣得咬牙切齒，立刻讓薛公公偷偷把那個多嘴的太監(jiān)除掉，還派不認(rèn)字的太監(jiān)服侍皇上，擔(dān)心孫承宗和其他官員趁機(jī)向皇上進(jìn)言，緊接著魏忠賢派東廠指揮使許顯純查封了熊廷弼的舊部。

許顯純來詔獄找熊廷弼攤牌，只要他拿出四萬兩銀子，就可以放他出去，熊廷弼卻視死如歸，把魏忠賢罵得狗血噴頭。許顯純不敢耽擱，向魏忠賢如實(shí)匯報，魏忠賢當(dāng)場決定要將熊廷弼殺掉。袁崇煥向?qū)O承宗匯報，他讓祖大壽親自負(fù)責(zé)寧遠(yuǎn)城的加固和防守，而且興水縣堡的城防也開始動工，孫承宗對他千叮嚀萬囑咐。

薛公公帶來一個孫大圣的玩偶討好皇上，皇上無意中發(fā)現(xiàn)旁邊有一行小字，聲稱皇上是傀儡，薛公公謊稱是在熊廷弼的府上拿來的，皇上勃然大怒，當(dāng)即決定處死熊廷弼，魏忠賢借刀殺人的計劃終于圓滿完成。孫靈汐偷偷祭拜熊廷弼，不由地想起自己被冤死的父親，孫承宗很自責(zé)，十三年前他人微言輕，只能眼睜睜看著孫靈汐的父親被處死，現(xiàn)在又看著熊廷弼慘死卻束手無策，心里很不是滋味。

范文程得知熊廷弼被殺，心里很悲痛，他的父親一心為國，卻含冤而死，范文程發(fā)誓要斬盡大明所有的貪官，為父親報仇雪恨。袁崇煥想起熊廷弼對他的囑托傷心不已，他和祖大壽跪在孫承宗的府門口，苦苦懇求孫承宗，要領(lǐng)回熊廷弼的尸體，好讓他入土為安，孫承宗也無可奈何，讓袁崇煥以大局為重，帶兵加固寧遠(yuǎn)城的防衛(wèi)。